Kemangkatan Sultan Mahmud Shah II pada
tahun 1699 tanpa meninggalkan waris merupakan pengakhiran keturunan daripada
Kesultanan Melayu Melaka. Selepas kemangkatan Sultan Mahmud Shah II, maka
bermulalah pemerintahan daripada keturunan Bendahara bagi kerajaan Johor.
Bendahara Abdul Jalil diangkat menjadi Sultan Johor dan digelar Sultan Abdul
Jalil Riayat Shah IV. Dalam tempoh ini, kerajaan Johor telah mengalami beberapa
cabaran dan transformasinya ke arah perkembangan kerajaan.
Tempoh 20 tahun yang telah memutuskan
jurai Kesultanan dan digantikan dengan jurai Bendahara telah memberi kesan
kepada pentadbiran kerajaan Johor. Tuntutan takhta daripada Putera Siak iaitu
Raja Kecil yang mengaku dirinya sebagai waris tunggal Sultan Mahmud Shah II
yang layak ke atas takhta Johor telah membawa pengaruh Bugis ke Johor. Raja
Kecil menuntut takhta daripada Sultan Abdul Jalil Riayat Shah IV dan meminta
bantuan daripada orang Bugis untuk menaiki takhta dengan menjanjikan pelantikan
orang Bugis sebagai Yang Dipertuan Muda Johor. Tambahan pula, kedatangan Raja
Kecil pada ketika itu telah mendapat sokongan daripada Orang Laut. Namun
begitu, pada tahun 1717, Raja Kecil terlebih dahulu menyerang Sultan Abdul
Jalil dan pada tahun 1718 takhta kerajaan Johor telah dirampas oleh Raja Kecil
dan mengangkat dirinya sebagai Sultan Johor dengan gelaran Sultan Abdul Jalil
Rahmat Shah.
Selepas Raja Kecil menaiki takhta, Bugis
telah menuntut janji untuk dilantik sebagai Yang Dipertuan Muda namun Raja
Kecil tidak memperkenankan permintaan Bugis kerana Bugis tidak memberi sebarang
bantuan kepada Raja Kecil. Rentetan daripada itu, Bugis yang tidak berpuas hati
dengan Raja Kecil telah membantu bekas Bendahara Abdul Jalil dan anaknya Raja
Sulaiman untuk mendapatkan semula takhta. Pada tahun 1722, Raja Sulaiman iaitu
putera kepada Sultan Abdul Jalil Riayat Shah IV berjaya menaiki takhta atas
bantuan Daeng Lima Bersaudara. Dengan itu, pemerintahan Raja Kecil hanyalah
selama 4 tahun. Raja Sulaiman dilantik menjadi Sultan dan bergelar Sultan
Sulaiman Badrul Alam Shah.
Sungguhpun Sultan Sulaiman merupakan Sutan
Johor, namun kuasa pemerintahan adalah di bawah orang Bugis iaitu Daeng Marewah
merupakan orang pertama yang telah dilantik menjadi Yang Dipertuan Muda. Maka
dengan itu, jawatan ini kemudiannya diwariskan dalam kalangan keturunan Bugis
sekaligus membawa perubahan yang besar kepada kerajaan Johor.
